汉武帝听了，认为司马迁这样为李陵辩护，是有意贬低李广利(李广利是汉武帝宠妃的哥哥)，勃然大怒，说：“你这样替投降敌人的人强辩，不是存心反对朝廷吗?”他就把司马迁下了监狱，交给廷尉审问。司马迁被关进监狱以后，案子落到了当时名声很臭的酷吏杜周手中，杜周严刑审讯司马迁，司马迁忍受了各种肉体和精神上的残酷折磨。面对酷吏，他始终不屈服，也不认罪。司马迁在狱中反复不停地问自己“这是我的罪吗?这是我的罪吗?我一个做臣子的，就不能发表点意见?”不久，有传闻说李陵曾带匈奴兵攻打汉朝。汉武帝信以为真，便草率地处死了李陵的母亲、妻子和儿子。司马迁也因此事被判了死刑。第二年汉武帝杀了李陵全家，处司马迁以宫刑。腐刑是个大辱，污及先人，见笑亲友。司马迁在狱中，又备受凌辱，“交手足，受木索，暴肌肤，受榜棰，幽于圜墙之中，当此之时，见狱吏则头抢地，视徒隶则心惕息。”(司马迁《报任安书》)几乎断送了性命。他本想一死，但想到自己多年搜集资料，说：“人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛。”。要写部有关历史书的夙愿，因此为了完成《史记》的写作，忍辱负重，苟且偷生，希图出现一线转机。
太始元年(前96年)汉武帝改元大赦天下。这时司马迁五十岁，出狱后当了中书令，在别人看来，也许是“尊宠任职”，但是，他还是专心致志写他的书。直到征和二年(前91年)全书完成，共得130篇，52万余言。
后世对司马迁的评价极高，有“西汉文章两司马，南阳经济一卧龙”的说法，齐名于西汉的大文豪家司马相如、三国时期最璀璨的人物诸葛亮。
作为星象家的司马迁：在两汉时期的星象家中，首先要提出司马迁。大家都知道司马迁是一个伟大的史学家，而不知他也是一位对天文星象精到造诣的专家。其实只要仔细读其《史记》的《天官书》《律书》《历书》就可明白称他为天文星家专家决非虚誉。象司马迁这样博大精深的文学大师，绝对不会自划范围，限制自己的知识体系和探索领域。古代的史宫本来以星历之事为其本职之一，故精通星象之学也不足为奇。不过司马迁能用史学家的高赡远瞩的眼光，把星象学与历史问题结合起来以究天人之际通古今之变，这可是其他星象家和史学家皆望尘莫及的向明之处。司马迁并末用星象学去占测具体的人事变异，而是用来总结历史规律，这不能不说是他对星系学的创造性应用。
司马迁继承父亲遗志遗业，完成《史记》及“推古天变”之任务，并明确表述为“通古今之变，究天人之际”，其结论表述在《天官书》中，即据春秋242年之间日食三十六、慧星三见等星象，联系点天子衰微、诸候力政、五伯代兴及到战国及秦汉之际的社会变乱动荡，而总结出天运三十年一小变，一百年一中变，五百年一大变，三大变为一纪，三纪而大备的“大数”，最后才认为“天人之际续备”。这是司马迁星学之应用的最重要之范例，在整个星学历史上占有最高地位。
此外，司马迁又总结了战国以来的星象学的基本原则，表述如下(亦记载于《天官书》中)：
“我仔细检查史书的记裁，考察历史上的事变，发现在100年之中，五星皆有逆行现象。五星在逆行时，往往变得特别明亮。日月的蚀食及其向南向北的运行，都有一定的速度和周期，这是星象学所要依据的最基本的数据。而星空中的紫宫星垣和东西南北四宫星宿及其所属的众多星辰，都是位置不变的，它们的大小程度和相互向的距离也是一定不变的，它们的分布排列象征着天上五官的位置。这是星象学中作为‘经’亦即不变的依据。而水、火、金、木、土星则是上天的五位辅住，它们的出现隐伏也有一定的时间和周期，但其运行速度快慢不均。这是星象学中的‘纬’亦即经紫变动的部分。把这些固定的和变动的两种星象结合起来，就可以预测人事的变化了。
何以同一词条内，司马迁的逝世年份3处尽不相同?
www.kuaixue5.com司马迁年表
●中元五年：出生
●元朔三年：20岁，开始”南游江淮“的漫长旅程。
●元狩四年：27岁，结束为期七八年的游历各地的旅程，入朝担任郎中。
●元鼎六年：35岁，身为郎中的司马迁奉命安抚巴蜀。
●元封二年：37岁，春天随武帝巡视缑氏、东莱。夏天黄河瓠子口决堤，随武帝前往治河，负薪塞河。
●元封三年：38岁，继任父亲的职务，为太史令。
苦着《史记》
司马迁从元封三年(公元前108年)被封为太史令后开始阅读、整理史料，准备写作，到太始四年(公元前91年)基本完成全部写作计划，共经过十六年。这是他用一生的精力、艰苦的劳动，并忍受了肉体上和精神上的巨大痛苦，用整个生命写成的一部永远闪耀着光辉的伟大着作。
鲁迅称赞《史记》是”史家之绝唱，无韵之离骚“。
《史记》是中国第一部纪传体通史，司马迁撰。全书包括十二”本纪“，三十”世家“，七十”列传“，十”表“，八”书“，共五个部分，一百三十篇约五十二万六千多字。记述了从传说中的黄帝至汉武帝太初四年上下三千年的历史。它同时也是一部文学名着，是中国传记文学的开创性着作。它的主体部分是本纪、世家和列传，其中列传是全书的精华。
司马迁撰写史记，态度严谨认真，实录精神是其最大的特色。他写的每一个历史人物或历史事件，都经过了大量的调查研究，并对史实反复作了核对。司马迁早在二十岁时，便离开首都长安遍踏名山大川，实地考察历史遗迹，了解到许多历史人物的遗闻轶事以及许多地方的民情风俗和经济生活，开扩了眼界，扩大了胸襟。汉朝的历史学家班固说，司马迁”其文直，其事核，不虚美，不隐恶，故谓之实录“。也就是说，他的文章公正，史实可靠，不空讲好话，不隐瞒坏事，这便高度评价了司马迁的科学态度和史记的记事翔实。
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