3、电子商务的无纸化对征管稽查方式提出了挑战。现行的税收征管和稽查是建立在有形的报表、凭证等纳税资料基础上，通过对其合法性、有效性、真实性的审核，达到促进征收管理的目的，而电子商务的各种报表凭证、涉税资料都是以数字化电子凭证出现和传递的，而且可以人为地随意修改、删除且不留任何痕迹和线索，纳税人完全可以根据不同对象不同需求随时很方便地制出各种有利于自己的涉税资料．现行的税收管理和稽查失去了追踪管理的基础。
4、电子商务使得国际间避税问题加重。电子商务的流动性、无纸化使得各公司可以方便地利用国与国之间税负的差距合理避税，可以方便地根据需要把公司设在免税国或低税国的站点上或根据自己经营需要设立关联企业或下属子公司，轻易达到避税目的，而现行税收征管模式对此却无办法。
三、加强电子商务税收征管的措施
电子商务作为一个新生事物，正改变着我们的生活，尽管电子商务在我国仍处在起步阶段，但它蕴含着无限的商机和巨大的税源，作为税务机关一定要采取积极措施来应付它带来的一系列挑战。笔者认 为当前我们可以尝试采取如下具体对策：
1、加强网上税法宣传，提高纳税人积极纳税的自觉性。
针对电子商务的特点在目前纳税人自觉纳税意识还不高的情况下，税务机关应加强税法宣传，尤其是要进行网上税法宣传。税务机关首先要积极响应“政府上网”号召，设立自己的网站，在自己的主页上设立税收新闻、税收政策公告、税收BBS栏、网上咨询台、网上有奖问答等内容，拓宽网上税法宣传信息渠道，使税法宣传不留死角，切实促使纳税人积极自觉纳税。同时设立税收违法案件举报电子信箱，调动大多数网民协护税积极性，全方位多渠道监控电子商务，减少国家税款的流失。
2、建立电子商务税务登记制度，实施源泉控管。
税务登记是税务机关掌握税收来源，加强监督和管理的基本要求和必要手段，也是促进纳税人依法履行纳税义务的基本措施，在电子商务时代，更应该将其强化而不能弱化．应建立专门的电子商务登记制度，规定服务商在接到建立新网站申请时应及时通知税务机关，而涉及电子商务的纳税人应在准备建网站时将电子商务的内容、业务开展方式、结算形式、人员构成、运行环境程序及各种密码钥匙等涉税资料上报税务机关备案备查，申请办理税务登记，取得一个专门的税务登记号码，ISp服务商只有在接到税务机关通知后根据纳税人持有的税务登记号码准其上网建站，从事电子商务交易；纳税人在电子商务交易结束后要立即在网上进行纳税申报，并及时缴纳税款。强化电子商务登记制度，使税务机关随时可以了解到税源变化状况，加强了税收管理．
3、强化对货币支付系统的监控．
电子商务的两种交易形式直销和中介销售都离不开“银行”这个货币支付环节，强化对银行等支付系统的监管，会有效避免电子商务的流动性和隐蔽性带来的征管难度。
(1)实施银行存款实名制。实行银行存款实名制可以避免纳税人多头开设帐户，多方交易行为，实施税务系统与银行系统计算机联网工程，互通信息。税务人员可以随时调阅有关纳税人存款帐户的涉税资料，提高工作时效，便于税务机关的管理。
(2)实行银行代扣代缴税款制度。对涉及流转税类计算较简单的电子商务税款征收可以委托银行在结算货款时代扣代缴，实行源泉控管，减少税务机关的工作量。
4、强化发票管理制度，以票控税
加强对发票这种最基本的商事凭证的使用和管理，能有效监控纳税人的生产经营状况，不论纳税人是传统产业还是从事电子商务只要开具发票发生应税行为就应积极缴税。而这对电子商务隐蔽性极强的交易形式有重要的制约作用。
5、加快提高税务系统计算机利用水平和对复合型人才的培养。
电子商务税收征管，偷逃税与检查堵漏，避税与反避税归根到底都是技术和人才的较量。近几年国际互联网和电子商务发展壮大，而税务机关的计算机应用还存在一定差距，因此应加大科技投入，构建全国性的先进计算机网络，提高硬件的性能和软件的智能度，设计具有跟踪统计功能的征管软件．实行网上征税，无纸化办公，适应电子商务对税收征管的需要。同时要加大对复合型人才的培养投入，要有计划地培养既懂税收业务又懂电子商务网络知识，还对经济运行规律有所了解的复合型税务人才，只有真正解决了人的问题、人才的问题，才能从根本上解决电子商务带来的税收问题．
6，改革和完善现行税收政策法规．
(1)完善现行税制。进一步完善现行税制，明确电子商务涉税政策，对电子商务所涉及税种的纳税人、征税对象、纳税环节、纳税地点、纳税期限等税制要素于以明确或重新规定，以使电子商务的税收征管有法可依。
(2)开征新的“字节税’。对电子商务、网络社会涉及的税收政策，仅靠对现行的税收政策体制修修补补无异于换汤不换药，是不能从根本上解决问题的。基于计算机，互联网是以二进制形式进行传送和存储的这一最基本特征，开征以字节数量(字节是衡量计算机存储容量的最常用单位)为计税依据的新税种，才能从根上解决电子商务、网络化带来的税收问题。
(3)加强国际间税收协调，联合反避税。电于商务带来了经济贸易全球一体化，极可能为避税分子提供较大的避税空间。各国政府应加强国际间的税收协调，积极交换有关电子商务的涉税资料，防范国际间利用电子商务进行偷逃税和避税行为，妥善解决税收管辖权问题，维护各国的正当权益。
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