学校按照“厚基础、宽口径、重能力、求创新”的教学理念，将综合教育和文理基础教育为特色的通识教育和宽口径专业教育有机地结合起来。学校从1994年实施学分制教学管理，2001年全面推进学分制建设，通过调整课程设置、开放选择专业、推行学期开课制、设立自由选修学分等多种途径，从各个教学环节上落实学生个性发展，给学生以更多的自主选择权。学校大力提倡“名教授上基础课、带基础实验”，建有严格的教学质量保障体系，在历年的全国优秀教学成果奖评选中获奖数始终名列全国前茅。学校建立了一套有实效、有特色的教学管理制度，研制和开发了具有国内先进水平的《高校网上教务管理系统》，实行导师制等一系列措施，全面实现了科学化、专业化管理，并坚持不懈地整治教风和考风，形成了良好的学风和校风。
学校把加强和发展研究生教育视为建设世界一流大学的关键，始终以“提高研究生培养质量”为核心，激励研究生的创新能力，营造完善的成才机制和浓重的学术氛围。积极推进招生制度改革，扩大博士生导师的招生自主权，通过提前攻博、硕博连读和招收直博生制度来吸引优秀生源。通过加强课程建设和教材建设来完善研究生学位课程体系，以严格的科研训练和能力培养来激发研究生的自主创新潜力，实施学位论文开题报告、中期考核和博士资格考试等措施，提高研究生的培养质量。近年来，研究生发表的论文在质量和数量上都有较大的提高，在连续六届的全国百篇优秀博士学位论文评选中，我校有33篇入选，在全国名列第三。为适应国家现代化建设的要求，近年来着力于研究生教育专业结构的调整，大力发展专业学位研究生的培养，取得了很好的成效，得到社会的广泛认同。在2001年亚洲13所著名商学院参加的“亚洲创业计划大赛”上，我校MBA代表队囊括全部单项与总分冠军，在全国“华为杯”研究生电子设计大赛中，我校多次获团体和个人冠军。在第一届100名国家教学名师奖评审中，复旦2位教授获得殊荣；上海市首届52名教学名师奖评选中，有8名教授入选，居上海市各高校之首。
学校注重课堂内外教育的结合，鼓励学生开展学术研究和社会实践。设立了“学生科技创新基金”，“大学生暑期社会实践基金”，开办百台精品讲座，倡导读百本书，参加百项社会实践和实验课题，使以德育为核心，培养创新能力和实践能力，德、智、体、美相互渗透的素质教育，成为校园生活的主旋律。在反映学生科技创新能力的全国大学生“挑战杯”比赛中，复旦大学在1995年、2000年、2001年和2005年四次获得第一名，是获得第一名最多的学校。学生话剧团经常在校园上演世界名剧和自编自导自演的新戏。校男女排球队都是全国甲级队。艺术体操、射击是复旦大学的传统体育项目，在全国大学生比赛中屡次夺冠。
复旦努力以一流的师资，一流的管理，培养出一流的复旦人才。复旦培养的人才，在各自岗位上大显身手，赢得了社会的肯定和用人单位的普遍欢迎。本科毕业生绝大多数在4月底前能落实单位，五、六家单位争夺一名毕业生的现象也不乏其例。在全国高校毕业生就业市场竞争日益激烈的情况下，复旦本科生当年就业率近年来始终在95%以上。从毕业生流向，也可看出复旦人在社会发展中所担当的角色。进入国家机关的人数占毕业总人数的6%～7%，直升或考取研究生，以及留在高校及科研单位的约占40%。金融单位、各类公司企业、律师、会计师事务所等比例均较高。用人单位普遍反映，复旦的学生大多数具备自信心强、有协作精神、适应能力强等诸多优点，在工作中往往能脱颖而出。
复旦大学科技工作以面向国际科学前沿、面向国家战略需求、面向国民经济主战场为指针，以开展原始性科学创新研究、出一流科技人才与科技成果、服务于国家安全与区域发展为目标，以承担国家与地方重大科技项目、建设重大科学平台、培育优秀创新团队为抓手。作为首席科学家单位，目前承担国家重点基础研究发展规划项目（973项目）6项，国家自然科学基金重大项目1项。2004年获批准国家自然科学基金重点项目11项，上海市重大项目6项，获国家自然科学基金委优秀创新研究群体1个，获得国家级科技成果奖励4项，获得授权专利105项，发表SCI论文944篇。近几年，学校面向国民经济主战场，在专用集成电路、计算机网络工程、生物技术、有机纳米材料和催化剂研究等方面开发了一系列科技成果，产生了显著的社会与经济效益。在非线性数学、先进材料、人类基因组学、基础医学与临床医学等领域取得了重要的科技进展。
人文科学和社会科学研究方面，在历届上海市哲学社会科学优秀成果评选中，复旦的获奖等级和总数都以绝对优势领先，其中《中国历史地图集》、《英汉大词典》、《中国文学批评通史》获特等奖；有5项成果获2000年首届全国哲学社会科学基金规划项目优秀成果奖，其中由陆谷孙教授主编的《英汉大词典》获一等奖，是上海地区唯一的一等奖获得者。在2003年教育部中国高校第三届人文社会科学优秀研究成果奖的评比中，我校有5部著作荣获一等奖，获一等奖著作数排名全国第一。2004年我校获上海市哲学社会科学优秀成果奖82项，邓小平理论研究与宣传优秀成果奖12项，蒋学模、刘放桐获得首次设立的学术贡献奖；在2004年上海市的社科评奖中，我校获奖总数占全市的32%。2004年我校又获上海市决策咨询研究成果奖8项，获奖总数大幅度提高并首次位列上海高校第一。 在2003年、2004年、2005年国家社科基金项目评审中，我校分别有20、28、23个项目立项，立项数连续数年位列上海高校第一。复旦还多次获得中国图书一等奖、“五个一工程”优秀图书奖、上海市优秀图书特等奖等奖项。
复旦大学积极兴办科技产业，推动产、学、研联合，促进科技成果转化。通过探索和实践，吸取了国内外有益的经验，实施多种模式发展科技产业，使学校科技成果转化及产业化工作得到了很大的发展，并且打造出了生机勃勃的“复旦”校办产业群，开辟出一条具有“复旦特色”的产业化之路。2004年，复旦大学国家大学科技园在英国威尔士南部设立办事机构，成功打开通往欧洲市场的大门。现有上市公司3家，其中香港创业板上市公司2家，如上海复旦微电子股份有限公司，是国内首家专门从事超大规模集成电路设计、开发、生产、销售的发起式股份有限公司，它是在香港上市的第一个复旦大学品牌的高科技企业，在“亚洲金融”杂志评出的2001年度中国大陆地区最佳企业排行榜上，该公司列为第10位，它的“神威1号”嵌入式32位微处理器的项目获得国家国防科技一等奖。
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