奎文阁前两侧，是四座明代御碑。这些驮碑的动物，人们习惯叫“龟驮碑”，实际上它的名子叫“赑屭”，是神话传说中龙的儿子。“龙生九子不成龙”，赑屭的特征是龙首、龟背、鹰爪、蛇尾，善于负重且能长寿，所以统治者要用它来驮御碑。
十三碑亭过奎文阁是十三碑亭院。十三碑亭是专为保存封建皇帝御制石碑而建的。亭内共保存唐、宋、金、元、明、清及民国时期碑刻55块。碑文多是皇帝对孔子追谥加封、拜庙新祭、派官致祭和整修庙宇的记录，由汉文、八思巴文(元代蒙古文)、满文等文字刻写。其中最大的一块石碑是清康熙二十五年(1686年)所立，碑重约35吨，加上驮碑赑屭共重约65吨。这块巨石采自北京的西山，在当时条件下，能将此碑安然运抵千里之外的曲阜，实在令人惊叹。此院东南西南还各有一片丛林似的碑碣，真草隶篆，风格各异，可谓集历代书法流派之大成。另有几座石碑从侧面记载元末红巾军、明末刘六、刘七以及徐鸿儒等农民起义的情况，是研究中国农民革命史珍贵的历史资料。
十三碑亭院北，五门并列将孔庙分成三路。东为承圣门，内为奉祀孔子上五代祖先的地方；西为启圣门，内为奉祀孔子父母的地方；中路三门并立，大成门居中，两边掖门为金声门和玉振门。
先师手植桧大成门内东侧石栏围护的桧树，是“先师手植桧”，树东石碑是明万历年间杨光训手书。相传孔子手植桧原有三棵，后枯死两棵，唯有此桧生生死死，几经荣枯留存至今，树高10余米，粗可合抱。先师手植桧历来受到重视，过去人们把它看作孔子思想的象征，它不仅与孔氏家庭的命运联系在一起，“此桧日茂则孔氏日兴”，而且还同封建统治者的命运联系在一起，宋代大书法家米芾为此赞道：“矫龙怪，挺雄质，二千年，敌金石，纠治乱，如一昔。”
杏坛杏坛相传是孔子当年讲学的地方。孔子“设教杏坛”的记载最早见于<<庄子.渔父篇>>：“孔子游乎缁帷这林，坐休乎杏坛之上，弟子读书，孔子弦歌。”宋天禧二年(1018年)孔子第四十五代孙孔道辅监修孔庙时，将正殿后移，“除地为坛，环植以杏，名曰杏坛。”金代始于坛上建亭，由当时著名文人党怀英篆书“杏坛”二字，现在亭内保存。亭内另一块石碑是清乾隆皇帝的手书“杏坛赞”，：“重来又值灿开时，几树东风簇降枝，岂是人间凡卉比，文明终古共春熙。”
大成殿孔庙主体建筑，是祭祀孔子的中心场所。“大成”二字出自<<孟子>>：“孔子之谓集大成”，赞扬孔子思想集古圣贤之大成。大成殿始建于宋天禧二年(1018年)，后毁于火。现存这座大成殿为清代雍正年间重建，高24.8米，阔45.8米，深24.9米，重檐九脊，黄瓦飞甍，雕梁画栋，气势雄伟，与北京故宫太和殿、泰安岱庙天贶殿并称为东方三大殿。大成殿四周廊下环立28根石雕龙柱，均以整石刻成，高6米，径长0.8米，为明代弘治年间徽州工匠刻制。大成殿两山及后檐的18根八棱石柱均为云龙浅雕。最为引人瞩目的是前檐的10根深浮雕龙柱，每柱二龙对翔，盘绕升腾，中刻宝珠，雕刻玲珑剔透，龙姿栩栩如生，无一雷同，堪称我国石刻艺术中的瑰宝，据说乾隆皇帝来曲阜祭礼孔时，石柱均用红绫包裹，不敢让皇帝看到，惟恐皇帝会因超过皇宫而怪罪。大成殿的建筑艺术，充分显示了我国劳动人民的聪明才智。
大成殿内金壁辉煌，有大型神龛9座，17座塑像，居中的一座即是孔子。孔子坐高3.35米，头戴十二旒冕，身穿十二章王服，手捧镇圭，显得高贵、威严，一副君王形象，这是被历代帝王神化了的孔子。实际上孔子的真实面目应该是“布衣”文人的形象。孔子塑像两侧神龛内东为“复圣”颜回、“述圣”孔伋，西为“宗圣”曾参，“亚圣”孟轲，称为“四配”。再两侧是“十二哲”塑像，除宋儒朱熹外，均为孔子弟子。
大成殿前露台过去是祭孔时舞蹈奏乐的地方。现在每年9月26日曲阜国际孔子文化节开幕式，和9月28日孔子诞辰纪念活动都在此举行。
两庑大成殿两侧是东西庑，每庑长163米，原是供奉先贤先儒的地方，现为石刻陈列。东庑陈列着汉、魏、隋、唐、宋、元碑刻44块，堪称孔庙一绝，是我国珍贵的古代文化遗产，对于研究古代书法艺术，文字演变具有重大的史料价值。西庑现陈列100多块“汉画像石刻”，也是久负盛名的艺术珍品，是研究我国汉魏时代社会生活的珍贵资料。
寝殿是祭祀孔子夫人的地方。殿内神龛木雕游龙飞凤，精美异常，龛内木牌上书“至圣先师夫人神位”。孔子夫人，春秋时期宋国人，复姓亓官，19岁嫁给孔子，先孔子7年去世。关于她的情况古籍很少记载，直到宋代才被宋真宗赵恒追封为“郓国夫人”，元代加封为“大成至圣文宣王夫人”，其后孔子改称“至圣先师”，她也被称为“至圣先师夫人”。早期曾有塑像，清雍正年间寝殿遭火灾，重建时改为神主牌位。
圣迹殿孔庙最后一座建筑。建于明代万历年间，由巡按御史何出光主持建造。殿内共有120幅绘画刻石，反映了孔子一生的主要活动和言论，是我国最早有完整人物故事的石刻连环画。
孔庙东路为祭祀孔子上五代祖先的地方，原为孔子当年故居。
诗礼堂是纪念孔子教子学诗礼的地方。据<<论语.季氏>>记载：有一次，孔子站在庭院里见儿子孔鲤从身边走过，问：“你学诗了没有？”孔鲤回答说没有。孔子说：“不学诗，无以言”，即不学习<<诗经>>是无法同人交谈的。于是孔鲤回去后认真地学习<<诗经>>。隔了一段时间，孔子又问孔鲤，“你学礼了没有？”孔鲤回答说还没有。孔子说“不学礼，无以立”，即不学礼是难于立身做人的。孔鲤又认真地学习<<礼记>>。孔子教子学诗学礼的故事，历来被传为美谈。
诗礼堂院内有一株唐槐和两棵银杏树，虽历经千载，仍枝叶茂密，尤其偏西那株雌银杏，至今仍硕果累累，孔府宴上一道名菜“诗礼银杏”即来源于此。
孔子故宅井位于诗礼堂后，因是孔子当年的吃水井，所以历来被称作“圣水”。清乾隆皇帝祭祀孔时曾勺水拜师，在井西侧建“饮水拜师”的凉亭，内立“故宅井赞”碑1块，他8次来曲阜，此碑竟有他5次题字，可见其对“圣水”的崇拜了。
鲁壁故宅井东侧一段子然独立的红色墙壁，是为纪念孔子第九代孙孔鲋藏书而建的。孔鲋时期正赶秦朝，秦始皇焚书坑儒的时候，孔鲋将<<尚书>>、<<礼>>、<<论语>>、<<孝经>>等儒家经典书籍藏于孔子故宅墙壁内，自己就到嵩山隐居去了，到死也没回来。汉景帝三年(公元前154年)，鲁恭王在扩建王宫拆除孔子故宅时，发现了这些经书，人们称之为“孔壁古文”，所以后人在此建鲁壁，以纪念孔鲋藏书。